Tantôt réserve d'uniformes, tantôt centre d'accueil pour les "enfants de l'exode" fuyant l'Est en guerre puis abri pour les jeunes filles dont les parents avaient momentanément fui la capitale, le Lycée Chaptal a constamment dû s'adapter durant ces années de guerre.

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Entre actes de résistance et reflet de la doxa pétainiste, il a été, comme le reste de la société française, le miroir de ces années sombres, jusqu'au combats de la libération du 23 août 1944, impliquant les FFI, retranchés dans sa lanterne Nord-Est.

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Le Proviseur de l'époque dresse le bilan détaillé de ces années de guerre dans un discours prononcé en 1945.